קורסים שאינם מקנים נקודות זכות
20581 חישוביות ביולוגית
20581 חישוביות ביולוגית
4 נקודות זכות ברמה מתקדמת ללא אפשרות לכתיבת עבודה סמינריונית
שיוך: מדעים / מדעי המחשב
תנאי קבלה: עמידה בדרישות האנגלית ובדרישות ההדרכה הביבליוגרפית בספרייה. ידע קודם דרוש: מבוא לסטטיסטיקה ולהסתברות למדעים (או הסתברות ומבוא לסטטיסטיקה למדעי המחשב), מבני נתונים ומבוא לאלגוריתמים (או מבני נתונים), חשבון דיפרנציאלי ואינטגרלי א (או חשבון אינפיניטסימלי 1),1 אלגברה לינארית 1 (או אלגברה לינארית לתלמידי מדעים). 2 ידע קודם מומלץ: הקורסים אוטומטים ושפות פורמליות, מבוא לתורת החישוביות והסיבוכיות,3 אלגוריתמיקה: יסודות מדעי המחשב, אלגוריתמים, וכן הקורס אשנב למדעי החיים (או שני הקורסים ביולוגיה כללית א, ביולוגיה כללית ב).
פיתוח הקורס: פרופ' רון אונגר, ד"ר אהוד לם, פרופ' נעם שנטל, פרופ' מיריי אביגל, יאיר חורש, חוה ניומן (עריכה)
פיתוח המהדורה החדשה: פרופ' נעם שנטל, ד"ר עידן אלתר, דפי בר אילן (עריכה).
אחראי אקדמי: פרופ' נעם שנטל
הקורס עוסק בממשק בין ביולוגיה למדעי המחשב, דרך שתי נקודות מבט משלימות. בחלקו הראשון של הקורס נידונים מודלי חישוב ואלגוריתמים אשר תוכננו בהשראת מערכות ביולוגיות מורכבות. בחלקו השני של הקורס הדיון עובר לשימוש ברכיבים ביולוגיים כחומרה המממשת מערכות חישוב ואחסון מידע.
במהלך הקורס נסתכל על מערכות ביולוגיות במשקפיים של מדעי המחשב ולהיפך, ונעמוד על התכונות היחודיות והמשותפות של שני העולמות. הקורס מספק סקירה רחבה של מגוון תחומים הנמצאים בחזית המחקר המדעי.
במהלך הקורס הסטודנטים יגישו מטלות המכילות פרויקטים מעשיים הכרוכים בכתיבת קוד.
נושאי הלימוד
אוטומטים תאיים:
-
משחק החיים
חישוב אבולוציוני:
-
אלגוריתמים גנטיים
-
תכנות גנטי
רשתות נוירונים מלאכותיות:
-
רשתות הופפילד
-
הפרספטרון
-
מכונות בולצמן מוגבלות
חישוב מולקולרי:
-
חישוב מבוסס DNA
-
חישוב מבוסס אנזימים
אחסון מידע באמצעות DNA
חומר הלימוד
הלימוד בקורס מבוסס על מדריך למידה בעברית, ספר לימוד באנגלית, סרטונים וסימולטורים אינטראקטיביים שונים.
ספר הלימוד:
Lamm E. & Unger R, Biological computation, CRC Press, 2011
1 או הקורס חשבון אינפיניטסימלי 1 (20106), שאינו מוצע עוד.
2 הקורס נקרא בעבר אלגברה לינארית לתלמידי מדעי הטבע.
3 או הקורס סיבוכיות חישובית (20545, 4 נ"ז) או הקורס חישוביות ומבוא לסיבוכיות (20365, 6 נ"ז), שאינם מוצעים עוד.