20579 ביואינפורמטיקה: אנליזה של רצפים וגנומים

20579 ביואינפורמטיקה: אנליזה של רצפים וגנומים‏

4 נקודות זכות ברמה מתקדמת ללא אפשרות לכתיבת עבודה סמינריונית

שיוך: מדעים / מדעי הטבע / מדעי החיים

תנאי קבלה: הקורסים ביוכימיה א (‏או ביוכימיה א לכימאים‎)‏, מבוא לסטטיסטיקה ולהסתברות למדעים (‏או הסתברות ומבוא לסטטיסטיקה למדעי המחשב‎)‏, גנטיקה א,1 יישומי המחשב ויסודות התכנות למדעים2 (‏או יסודות התכנות בשפת Java ‏או מבוא למדעי המחשב ושפת (‏Java וכן עמידה בדרישות האנגלית ובדרישות ההדרכה הביבליוגרפית בספרייה.

פיתוח המהדורה הראשונה:  פרופ' רון אונגר, ד"ר סטיבן בקר, ד"ר עדה ניר, ד"ר חיבה ולדמן בן-אשר ‏(‏כתיבה‎‎)‏‏; יואב ברויר ‏(‏עריכה‎‎)‏.‏ יועצים : ד"ר מיה הרמן, ד"ר איתן רובין

פיתוח המהדורה השנייה: ד"ר עינת חזקני-קובו, ד"ר אביטל אדטו, ד"ר שירי פרייליך, ד"ר אורלי שטטינר (‏אתר‎)‏

ביואינפורמטיקה היא ענף מדעי שעניינו חקר, עיבוד ואחסון מידע ביולוגי באמצעים ממוחשבים. היכרות עם התחום חיונית לכל מי שעוסק במדעי החיים במאה ה-21. במהלך הקורס נכיר מאגרי נתונים עיקריים, נתנסה בשימוש בכלים ביואינפורמטיים מגוונים לשם ניתוח וחקר שאלות ביולוגיות, ונתוודע לאלגוריתמים שעליהם מבוססים כלים אלה. כמו כן, נגדיר ונדון גם במגבלות של המחקר הביואנפורמטי.

מטרות הקורס

• לערוך היכרות עם מאגרי המידע הביואינפורמטיים המובילים

• ללמוד שימוש בכלים ביואינפורמטיים מרכזיים

• להבין את העקרונות המונחים בבסיס הכלים שבהם נשתמש

• ללמוד בחירה מושכלת של כלים ביואינפורמטיים מתאימים לפתרון בעיות ביולוגית מוגדרות

• להבין את תוצאות הניתוחים הביואינפורמטיים ולהכיר את מגבלותיהם

חומר הלימוד

הלימוד בקורס מבוסס על הספר:

Bioinformatics and Functional Genomics, Third Edition, 2015, by Jonathan Pevsner, Wiley- Blackwell.

וכן על מדריכי למידה, מאמרי סקירה, שאלות הבנה, ומשימות להתנסות ולתרגול עצמי בכלים ביואינפורמטיים.

נושאי הלימוד

• מאגרי נתונים ביולוגים

• התאמה לוקלית וגלובלית של צמדי רצפים

• התאמה מרובת רצפים

• חיפוש רצפים במאגרי מידע

• אנליזה פילוגנטית

• גנומים ואנליזה פוסט-גנומית

• הרכבה של גנומים

• פרוטאומיקה ומבנה החלבונים

• רשתות ביולוגיות

---

1 או הקורס גנטיקה (‏20275‎)‏, שאינו מוצע עוד.

2 או הקורס יישומי מחשב למדעים (‏20126‎)‏ שאינו מוצע עוד.